他重视律法，兴办律学，训练县吏的断狱能力。姚兴认为，法律是维护社会秩序的重要保障，只有公正执法，才能让百姓安居乐业。他惩治污吏，下令释放奴婢，减轻了百姓的负担，提高了他们的生产积极性。
姚兴大力提倡儒学，推崇佛学。他好读书，每于听政之暇，讲论经籍，错综名理，这使得长安城儒风盛行，儒者云集。他在长安设立太学，招收各地学生，培养了大批人才。隆安五年（公元401年），姚兴攻伐后凉，亲迎名僧鸠摩罗什入长安，待以国师之礼。他经常带领众僧去逍遥园听罗什讲经，并为罗什组建译场，让罗什主持翻译佛经之事。姚兴本人也参与翻译，“罗什持胡本，兴执旧经，以相考校”，总共翻译佛经三百余卷。在姚兴的推动下，后秦国内佛学兴盛，“事佛者十室而九”。
姚兴还关心百姓疾苦，鼓励农业建设。他下令减轻百姓的赋税负担，让百姓能够安心生产。他还兴修水利，推广先进的农业技术，提高了农业产量。在他的统治下，关中地区出现了“俗阜年丰，远安迩辑”的繁荣景象。
诸子争位，内乱频生
姚兴晚年，由于征战过多消耗国库、苛捐杂税增加，国家经济受到了一定的影响。而以其子姚泓与姚弼为首的诸子争斗，更是严重影响了后秦的政治根基。
姚弼是姚兴的儿子，因他颇受宠爱，姜纪也来依附他。姜纪阿谄奸诈，喜好挑拨别人的亲属关系。姚弼担任雍州刺史时，镇守安定，与姜纪暗地里商量想回到京城，在姜纪的建议下，在常山公姚显周围培植亲信。弘始十三年（公元411年），姚兴任命姚弼为尚书令、侍中、大将军。姚弼已经占据将相之位，他虚心待人，结交朝中大臣，权势超过太子，于是产生了夺取太子之位的图谋。
左将军姚文宗被太子姚泓宠幸，广平公姚弼非常憎恨他，就诬陷姚文宗对姚兴有怨言，并佐以证人。姚兴大怒，让姚文宗自尽。自此以后，群臣都畏缩谨慎，不敢说姚弼的短处。
姚兴卧病在床时，逆贼李弘在贰原造反，贰原的氐族人仇常也起兵响应。姚兴带病领兵讨伐他们，杀了仇常，活捉了李弘方才回军，将仇常的部下五百多户迁往许昌。
姚兴病重时，姚弼暗地里准备叛乱，招集数千人，披甲埋伏在他的府第中。姚兴知道后，不顾大臣依法处置的建议，免去姚弼尚书令的职务，以将军、广平公的身份留住私宅。
姚弼憎恨被姚宣诽谤，于是在姚兴面前诬陷姚宣。恰巧姚宣的司马权丕来到长安，姚兴指责权丕对姚宣无辅佐之功，准备杀他。权丕性情奸巧，捏造罪状诬陷姚宣。姚兴大怒，将姚宣逮捕入狱，不顾大臣对姚弼心思的担忧，派姚弼带领三万人马镇守秦州。
白虹贯日，姚兴听取巫术人的话语，逮捕并囚禁了姚弼，又逮捕了他的党羽。在太子姚泓痛哭流涕的请求下，没有杀他们。后解除了姚弼的囚禁。
弘始十六年（公元414年）姚兴突患重病，姚弼趁机发动政变，失败。姚兴下令逮捕姚弼。
巨星陨落，后秦衰落
弘始十八年二月（公元416年），姚兴出巡到华阴，让姚泓监国，进居西宫。姚兴因病重，返回长安。姚泓在黄龙门下拜迎姚兴。姚弼的亲信看见姚兴登上銮舆，都非常害怕。
姚兴命令姚泓录尚书事，派姚绍、胡翼度带兵守卫皇宫，防止内外的变乱，派敛曼嵬没收姚弼府中的兵器，上交到武库中去。随后，姚兴的病情转重。
姚兴的小儿子姚耕儿告诉他的哥哥姚愔皇帝去世。于是，姚愔攻进皇宫，来到了马道。姚泓当时在谘议堂侍奉姚兴的疾病，派敛曼嵬率殿中的士兵登上武库抗拒敌人，太子右卫率姚和都带领东宫的士兵驻扎在马道南边。姚愔等人不能前进，就火烧端门。
姚兴带病来到前殿，下令让姚弼自尽。姚兴的出现振奋了禁卫军。禁卫军奋勇杀敌，贼众非常害怕。姚和都带领东宫的士兵从后面向敌人进攻，姚愔等众溃散，逃到骊山，姚愔的同党吕隆逃到雍，尹冲等人逃到京城。
姚兴带领姚绍和梁喜、尹昭、敛曼嵬等人进入内宫，留下遗诏，让他们辅佐朝政。不久，姚兴去世，时年五十一岁。
姚兴在位22年，他在位时关中地区得到一段恢复和发展。但他死后，后秦的辉煌也逐渐消逝。他的儿子姚泓继位后，无法掌控局势，东晋刘裕趁机北伐，后秦很快就被灭亡。然而，姚兴作为后秦的中兴之主，他的功绩和影响却永远留在了历史的长河中。他的政治才能、军事谋略以及对文化的推动，都为后世所铭记。他的故事，也成为了那个乱世中一段令人难以忘怀的传奇。