山子哥从新安监狱开始交代，最初是出于什么原因要杀害李宝玉和傅克军，后面又是怎么痛下杀手，一直到徐水抢枪、边疆宾馆疯狂杀戮，直至天山杀害吴子明灭口和盘脱出。
好了，接下来就是本案的取证工作。
随后，北京公安部部长做出了重要指示，要求所有办案人员务必尽心查找人证物证，要把这个案子办成铁案。
随着命令的下达，大批办案人员携带上金属探测器、挖掘工具和汪汪队等，分批出动，分别赶往徐水和新疆，根据白宝山交代的情况，对所有地点进行大面积勘查。
最终在徐水火车站北侧一片荒地里，挖出了他藏在树下的五六十瓣的动步枪。
与此同时，新疆方面也找到了被拆解后分散于多处的八一杠零件。而西安监狱那边，也在挖土机的轰鸣声中翻出了李宝玉和傅克军的尸骸。
另外，脚丫子外露的王吉平也被找到，被发现时仍然保持着当时的动作。而当时盗窃149团场裆腰裤使用的撬棍，第一根之前已经在树下找到，而另一根也在刘秀芬的出租屋内找到。
而当时他逃跑时枪杀的四川人尸体，以及吴子明的身份证件，始终都没有找到。
轰动全国的白宝山系列案件侦查工作，到这就落下帷幕。
现在摆在白宝山面前只有一条路，那就是接受人民的审判。公安部有关领导经过多次论证，认为白宝山罪行累累，尤其是他在新疆作下的案子，对整个社会和当地人民造成了极大恐慌，其中当属边疆宾馆案尤为突出，致使大量无辜群众伤亡。从某种层面来说，已经影响到了民族安定、团结，甚至是造成了负面国际影响。
为了能平息新疆人民的怒气，恢复民族团结的大局，最终决定该案放到新疆公开审理。
就这样，时间来到1997年的12月3日，新疆警方派人赶赴北京，准备押解白宝山飞往新疆接受审判。
这段时间，白宝山被单独关押在一个特号里面，没几天就跟负责的管教人员混熟了，饮食和日常生活都很到位。
当他知道要被送到新疆受审的时候，反而怂了。为什么会这样呢？因为他非常清楚自己恶贯满盈，作案最疯狂的那段时间全都在新疆，自己杀害了那么多无辜的人，万一转到新疆的监狱，碰上受害者的亲朋好友，迟早会被人弄死。
于是就非常坚持要在北京受审。
不过这种事不是他能说了算的，但为了稳定他的情绪，新疆和北京警方依然对他进行了心理疏导，相关的政策规定也交代清楚，明确告诉他，你这种情况去了哪里都住特号，除管教外，基本没人能接触到你，因此你的生命安全绝对不会出现任何问题。至此，白宝山才稍微放心。
后面经过一系列的严密布置，白宝山被带出了看守所。临出发前，警方给他戴好头罩，锁好银手镯和银脚链，由骑警在前面开道，8辆公务警车随行，将他和他的老宝贝一同带到了机场。
登机后，二人一前一后看管，这是谢宗芬第三次坐飞机，全程表现的很淡定，不过白宝山却是头一回。
虽说他作案时心狠手辣，不过在飞机攀升过程中，却有点漏气，可能他有点晕机，吵着闹着要去卫生间，工作人员一直在旁边耐心疏导，直到飞机进入平流层，他才安静下来。
经过3个多小时的飞行，飞机平稳的降落在乌鲁木齐机场。此时等待机场的，除新疆警方外，还有众多新闻界的记者。为了能拍到这珍贵的一幕，他们老早就来此等候。
白宝山在出机舱后还闹出了乌龙，也不知道他听谁说的，总觉得下了飞机就要给他就地枪决，吓得浑身直哆嗦，赖在地上说什么也不动弹了。
执勤的武警赶紧把他架起来，哪成想他拼命的朝着武警喊叫：“你们这是要对我做什么？”
武警叔叔赶紧就跟他说呀：“你不要给我哇哇叫，这不是还没给你判案吗？你怕个嘚！”听完这话的白宝山才松了一口气，乖乖的跟着武警上了旁边的警车。
车子把他转移到了乌鲁木齐市看守所，不过到了这里，他又开始作，说这里条件太差了，住的监舍又寒冷又潮湿，饮食也比北京那边差太多了。
由于他已经是将死之人，这么不停的闹腾，也拿他没办法。监狱方面只能让管教去跟他沟通，只要是要求合理合规，都尽量作出调整，这他才不闹意见，以至于最终审判也非常的配合。
不过这段时间，他也说了不少话，他知道自己死期将至，所以告诉工作人员，他这一生受到了不少不公平的待遇，小时候就离开母亲回去，也很少能感受到家的温暖。现在好不容易弄到大钱了，结果还没等花，人就要先去了。虽说他杀人不眨眼，但真到了这个时刻呀，他也贪恋这最后的光阴。
1998年3月3日上午10时，乌鲁木齐市中医人民法院正式开庭，审理白宝山系列案件，从西安监狱杀害狱友、高警热电场袭击武警抢枪，直至最后杀害吴子明。庭审现场，公诉方指控了他一系列罪行。面对这些事实，白宝山当庭认罪。