慕容云即位后，面临着内忧外患的严峻局面。内部，兰汗的残余势力仍然存在，随时可能发动叛乱；朝中大臣各怀心思，对他这个傀儡皇帝并不真心臣服。外部，北魏虎视眈眈，不断侵扰后燕的边境；周边的少数民族政权也蠢蠢欲动，企图趁乱分一杯羹。为了稳固自己的统治，慕容云采取了一系列措施。
他首先任命冯跋为使持节、侍中、都督中外诸军事、征北大将军、开府仪同三司、录尚书事，封武邑公；任命张兴等人为重要官职，给予他们丰厚的赏赐，以此来拉拢这些拥立他的大臣。同时，慕容云还对兰汗的残余势力进行了清洗，将一些有威胁的人物全部诛杀，稳定了内部局势。
在对外方面，慕容云采取了保守的策略。他深知北燕国力衰弱，无法与北魏等强敌正面抗衡，于是主动与北魏求和，每年向北魏进贡大量的财物和马匹，以换取边境的安宁。他还积极与周边的少数民族政权搞好关系，通过联姻、结盟等方式，扩大北燕的影响力。
权臣当道，危机四伏
然而，慕容云的这些措施并没有从根本上解决北燕的问题。他虽然名义上是皇帝，但实际上大权都掌握在冯跋等权臣手中。冯跋等人在拥立慕容云后，逐渐在朝中培植自己的势力，形成了一个庞大的利益集团。他们对慕容云的命令阳奉阴违，甚至公然违抗，慕容云的皇权受到了严重的挑战。
慕容云也意识到了自己的处境危险，他不甘心成为一个傀儡皇帝，于是开始试图摆脱冯跋等人的控制。他暗中招募了一批死士，组建了自己的护卫队，希望能够依靠这些力量来巩固自己的地位。同时，他还开始提拔一些亲信官员，试图在朝中形成一股新的势力，与冯跋等人抗衡。
但慕容云的这些举动引起了冯跋等人的警惕。他们对慕容云的行为极为不满，认为他是在忘恩负义，企图背叛自己。于是，冯跋等人开始密谋除掉慕容云，以确保自己的利益不受损害。
在这个过程中，慕容云的性格弱点也逐渐暴露出来。他虽然有摆脱傀儡地位的想法，但却缺乏果断的决策能力和坚定的执行力。他在面对冯跋等人的威胁时，常常犹豫不决，错失了许多良机。而且，他对身边的人也缺乏足够的信任，导致他的亲信逐渐离他而去。
遇刺身亡，谥号背后的无奈
正始三年（409年），慕容云的命运迎来了终结。他平日里对身边的侍卫非常宠信，尤其是离班、桃仁两人，他给予了他们丰厚的赏赐和极高的地位。然而，人心不足蛇吞象，离班和桃仁并不满足于现状，他们对慕容云的财富和权力产生了觊觎之心。
一天，慕容云在宫中休息，离班和桃仁怀揣利刃，突然闯入宫中。他们直奔慕容云的寝宫，慕容云还没来得及反应，就被离班和桃仁用刀砍伤。慕容云挣扎着想要呼喊求救，但离班和桃仁又连砍数刀，最终将慕容云杀害。一代帝王，就这样死在了自己宠信的侍卫手中，年仅三十-ne岁。
慕容云死后，冯跋等人拥立他的养子慕容方即位，但很快冯跋就废掉了慕容方，自己登上了皇位，建立了真正意义上的北燕政权。慕容云虽然是北燕的开国君主，但他的统治时间短暂，而且大部分时间都处于傀儡地位，并没有真正实现对国家的有效统治。
慕容云死后，被追谥为“惠懿皇帝”。“惠”字在谥号中通常表示仁慈、柔顺，这或许是对慕容云性格中温和一面的肯定；而“懿”字则有美好、高尚之意，可能是对他作为开国君主这一身份的一种褒扬。但实际上，慕容云的一生充满了无奈和悲哀，他在乱世中被推上皇位，却始终无法摆脱权臣的控制，最终落得个惨死的下场。他的故事，成为了十六国历史中一段充满悲剧色彩的篇章，也让后人对那个动荡不安的时代有了更深刻的认识。