登基称帝，矢志复仇
太安二年（386年）十月，刚刚登基不久的苻丕，在与东晋的交战中兵败，被东晋扬威将军冯该截杀。十一月，苻丕的尚书寇遗带着苻丕之子渤海王苻懿、济北王苻昶从杏城来投奔苻登。苻登这才得知苻丕已死的噩耗，他悲痛万分，为苻丕发丧穿孝服守孝，三军将士也都身着白色丧服，以表达对苻丕的哀悼之情。
此时，前秦群龙无首，局势更加危急。苻登提议立奉苻懿为主，但众人却有着不同的看法。他们认为，渤海王虽然是先帝之子，但是年纪太小，不堪承担多难之事。国乱之时应立年长之君，这是《春秋》所记载的道理。如今三虏（慕容垂、姚苌、慕容永）相连僭称帝号，贼军强盛，豺狼忘恩负义之人到处都是，自古以来极端的厄运，没有比现在更厉害的了。而苻登在西州作战，如凤鸟在秦、陇飞翔，偏师一接战，姚苌就溃逃，一战之功，可说是光照天地。应当如龙飞跃奋发武威，拯救旧都长安，以皇秦列祖的社稷宗庙为先，不可只顾曹臧、吴札那样的微末节义，而失去谋取国运之机，不建复兴皇秦之业。
在众人的劝说下，苻登最终被拥立为帝，改年号为太初。他在境内大赦，希望以此来凝聚人心，重振前秦。十二月，苻登做出了一个令人意想不到的举动。他在军中立下宣昭帝苻坚的牌位，将其载在有屏盖的车中，用鸟羽连缀的青盖作车盖，车上竖黄旗，还安排了武贲勇士三百人护卫。他发誓，每次作战前必定要向苻坚的牌位告请，凡是要做什么事，都要启奏之后再施行。
兵甲修缮完毕后，苻登打算率军向东进发。他对着苻坚的牌位禀告说：“曾孙皇帝臣苻登，凭着太皇帝之灵恭敬地登上宝位。从前五将的灾难，贼羌肆害圣身，实在是苻登的罪过。现在集合义军，有五万余众，精甲劲兵，足以建功，年成丰登，足以供给军用。即日如流星闪电，直扑贼庭，奋不顾身，抱定必死的决心，因失职失败的时候怎能上报世祖皇帝的大冤，下雪臣子的大耻。请皇秦列祖列宗的神灵，降临监督我们的忠诚之志。”前秦的将士们听了他的这番话，无不悲痛恸哭，他们都在长矛镗甲上刻上了“死”和“休”的字样，表示要决一死战，洗刷国耻的决心。
当初，长安将要陷落时，苻坚的中垒将军徐嵩、屯骑校尉胡空各聚众五千人，依据险阻修筑堡垒保全自己，还接受了姚苌授予的官爵。到姚苌杀苻坚时，徐嵩等人用王者的礼节把苻坚葬在两个堡垒之间。此时，他们听闻苻登称帝，都率众投奔而来。苻登拜徐嵩为镇军将军、雍州刺史，胡空为辅国将军、京兆尹。同时，苻登又用天子之礼将苻坚改葬，以此来表达自己对苻坚的敬重和为其复仇的决心。
太初二年（387年）正月，苻登册立其妻毛氏为皇后，堂弟苻懿为皇太弟。然而，苻纂对苻登称帝之事却心怀不满，他对使者发怒说：“渤海王是世祖之孙，先帝之子，南安王为什么不立他而自称皇帝？”苻纂长史王旅劝谏说：“南安王已经即位了，必然没有中途改变的道理。贼虏还没平定，不能在宗室内部自相仇视，愿大王效法汉光武帝（刘秀）推崇圣公（刘玄）之义，剿灭二虏之后，再从长计议。”苻纂这才接受了任命。
此后，贰县的虏帅彭沛谷、屠各董成、张龙世、新平羌雷恶地等都响应苻纂，苻纂的部众多达十余万人。苻纂派兵进攻上郡羌首领金大黑、金洛生，金大黑等人迎战，但被前秦军队打得大败，斩首五千八百人。苻纂在泾阳击败后秦名将姚硕德，姚苌从阴密县抵御苻纂，苻纂率兵退屯于敷陆县。窦冲进攻姚苌的汧、雍二城，将城池全部攻克，斩杀后秦将军姚元平、张略等人，又与姚苌在汧东交战，但被姚苌击败。苻登在瓦亭驻扎。姚苌进攻并攻陷前秦将领彭沛谷的堡垒，彭沛谷逃奔至苻纂驻扎的杏城，姚苌转移到阴密。苻登的征虏将军、冯翊太守兰犊率两万军从频阳县进入和宁县，与苻纂首尾呼应，将要谋取长安。苻师奴劝其兄苻纂称帝号，苻纂不同意，苻师奴就杀了苻纂，自立为秦公。兰犊与他断绝往来，结果都被姚苌击败。同年（387年）九月，苻登率军占据到胡空堡，戎夏百姓来归附苻登的有十余万人。姚苌派他的将军姚方成攻陷了徐嵩堡垒，徐嵩被杀，众军士全部被活埋。
屡战屡败，坚守信念
太初二年（387年）开始，苻登率领前秦军队与后秦展开了一系列激烈的战斗。他先后派军攻克汧城（今甘肃陇县）、雍城（今陕西凤翔）。九月，苻登占据胡空堡（今陕西彬县），胡、汉百姓来归附前秦的有十几万人，前秦的势力得到了进一步的壮大。
太初三年（388年）二月，苻登率领军队从下陇进入朝那县（今宁夏南部），姚苌驻扎在武都（今甘肃陇南）与他相持。双方你来我往，多次交战，互有胜负，最终各自撤兵。当时，前秦军中缺粮大饥，苻登甚至采收桑葚给士兵食用，艰难地维持着军队的运转。八月，苻登立其子苻崇为皇太子，苻弁为南安王，苻尚为北海王，进一步稳定了前秦的政权架构。十月，姚苌退回到安定（今甘肃定西），苻登到新平（今陕西彬县）筹集粮草，留下大军在胡空堡。随后，他亲自率领骑兵前往姚苌营寨进行包围，还命将士在其周围放声大哭，哀声震撼人心。姚苌很厌恶这种心理战术，就令三军也痛哭与苻登军相应，苻登见这样做没有效果，于是下令撤军。
太初四年（389年），苻登的将军窦洛、窦于等谋反被发觉，出奔到姚苌那里，这给前秦带来了不小的打击。但苻登并没有被这些挫折打倒，他继续进兵征讨彭池不克，转而进攻弥姐营及繁川各堡垒，最终将它们攻克。姚苌因为屡战屡败，便派后秦中军将军姚崇率军偷袭大界。苻登早有防备，率军截击，在安丘大败姚崇，俘虏斩杀后秦士兵两万五千人。紧接着，苻登攻克平凉郡，任命尚书苻硕原为前禁将军、灭羌校尉，戍守平凉。他进据苟头原以逼安定郡，对后秦形成了强大的军事压力。
然而，姚苌并不甘心失败，他率领三万骑兵夜袭大界营。这一战，异常惨烈。苻登妻毛皇后骑马弯弓，率数百壮士迎战，她奋勇杀敌，斩杀七百馀人。但终因寡不敌众，毛皇后被擒，苻弁、苻尚等人被杀，前秦数十名将被擒，姚苌大获全胜，俘虏男女五万余人后离去。这一战的失败，让苻登遭受了沉重的打击，他的实力大损。
十月，苻登收集余兵，退据胡空堡。但他并没有放弃，他派使者送诏书加窦冲为大司马、骠骑将军、前锋大都督、都督陇东诸军事，杨定为左丞相、上大将军、都督中外诸军事，杨壁为大将军、都督陇右诸军事。派窦冲率现有之兵为先驱，从繁川奔赴长安（今陕西西安），与其约定共同攻打后秦，命杨定率领部众作为援军，命杨壁留守仇池，同时又令他的并州刺史杨政、冀州（今河北衡水）刺史杨楷率军会攻长安。姚苌派遣他的将军王破虏率军至秦州攻城略地，杨定与王破虏在清水（今甘肃天水）交战，杨定大败王破虏。苻登进攻后秦将领张龙世，姚苌赶来援救张龙世，苻登便退兵不战。姚苌派部将任瓫、宗度诈降，称可以为苻登开城门，但归附前秦的羌族首领雷恶地认为姚苌有诈，苻登便没有进城。之后，苻登才知道雷恶地的猜测是对的，心中十分赞赏雷恶地的智谋，不过他对雷恶地有所忌惮，这也导致雷恶地最终投降了姚苌。之后，姚苌攻陷新罗堡（今陕西眉县），后秦扶风（今陕西宝鸡）太守齐益男投奔苻登，苻登的部将路柴、强武等却都率众向姚苌投降。苻登在陇东攻击姚苌部将张业生，姚苌前去救援没有获胜，于是率部退兵。
尽管面临着重重困难和挫折，苻登始终没有放弃恢复前秦江山的信念。他不断收拢前秦的残余势力，与后秦进行着艰苦的抗争。太初六年（391年）三月，苻登与姚苌部将金温交战，取得胜利后渡过渭水进据曲牢（今陕西西安）。同年四月，归附后秦的苟曜聚众一万人，暗中与苻登联络成为内应。不久后，苻登离开曲牢，向繁川进发，驻军马头原（今陕西西安）。同年五月，姚苌率军抵御，苻登将其击败，并斩杀了后秦右将军吴忠。姚苌收拢部下打算再战，姚硕德劝阻他要慎重，但姚苌却认为苻登敢轻兵直进，定是留有后手，如果没有尽快获得胜利，会让苻登的谋划成功。于是，姚苌再次进攻，这一次，苻登被击败，退守眉县（今陕西宝鸡）。七月，苻登率兵攻打新平（今陕西新平），姚苌领兵救援，苻登又退兵离去。
太初七年（392年）七月，苻登听说姚苌患病，心中大喜，他认为这是上天给予前秦的机会。于是，他高兴地祭拜苻坚，在境内大赦天下，随后率军进逼安定，离城只有九十余里。同年八月，姚苌病情略有好转，便出兵抵御苻登，并派部将姚熙隆进攻苻登的大营。苻登感到害怕，于是退兵回营。姚苌连夜撤离，越过苻登的大营三十余里，打算偷偷跟在苻登之后。次日，哨兵报告说姚苌的营寨空无一人，苻登十分吃惊，又感叹姚苌是自己的劲敌