三、刘裕专权，无力回天
刘裕掌权后，东晋的朝政发生了巨大的变化。他开始大力整顿吏治，打击门阀士族的势力，试图加强中央集权。在军事上，他也积极北伐，先后灭掉南燕、后秦等政权，收复了大片失地，威望达到了顶点。
随着刘裕的权力和威望不断提升，他的野心也逐渐膨胀。他开始有了篡位称帝的想法。司马德文察觉到了刘裕的野心，心中充满了忧虑。他深知，刘裕一旦篡位，东晋的江山将彻底覆灭。为了保护兄长的安全，也为了延续东晋的国祚，司马德文寸步不离地陪伴在晋安帝左右，甚至亲自为他处理饮食起居。
义熙十四年（公元418年），刘裕终于按捺不住自己的野心。他为了应“昌明（晋孝武帝司马曜）之后有二帝”的谶语，决定先杀掉晋安帝，再立一个新帝。于是，他派心腹王韶之趁司马德文患病离宫之机，缢杀了晋安帝。
晋安帝的死，让司马德文悲痛欲绝。但他知道，自己已经无法改变这一切。不久之后，他被刘裕推上了皇位，即晋恭帝，改元元熙。司马德文心中明白，自己这个皇帝不过是刘裕篡位的一个过渡，是一个傀儡而已。他虽然登上了皇位，但却没有丝毫的权力，一切朝政都由刘裕掌控。
四、无奈禅位，悲惨结局
司马德文在位期间，虽然试图有所作为，但在刘裕的强大压力下，他的一切努力都显得那么微不足道。刘裕为了称帝，不断给自己加官进爵，先是进位宋王，又获加皇帝规格的十二旒冕、天子旌旗等一系列殊礼，距离皇位仅一步之遥。
元熙二年（公元420年），刘裕认为时机已经成熟。他命令党徒傅亮草拟好禅位诏书，入宫逼迫司马德文誊抄。司马德文看着这份诏书，心中五味杂陈。他知道，东晋的命运已经走到了尽头。但他并没有反抗，而是坦然接受了这一切。他执笔抄写诏书，并对左右说：“桓玄篡位时，晋室已经失去天下了，因为有刘公（刘裕），才延长了将近二十年的国祚。今日禅让，我心甘情愿。”
司马德文的这番话，既是对东晋命运的无奈叹息，也是对刘裕的一种示弱。他希望通过这样的方式，能够保住自己的性命。禅位后，司马德文被降为零陵王，迁居秣陵（今江苏南京江宁），由冠军将军刘遵考率兵监视。
然而，刘裕并没有打算放过司马德文。他担心司马德文会成为东晋旧臣复国的旗帜，于是决定斩草除根。司马德文被贬为零陵王后，行事更加小心谨慎，整日闭门不出。他与皇后褚灵媛（褚爽之女）相互扶持，艰难度日。褚皇后生下一个儿子，这本是一件喜事，但却被褚灵媛的兄长褚秀之、褚淡之奉刘裕之命将男婴扼杀，断绝了司马氏的血脉。
永初二年（公元421年），刘裕终于对司马德文下了毒手。他先派琅琊侍中张伟携毒酒去秣陵鸩杀司马德文。张伟不忍谋害故主，又无法向刘裕交代，竟在路上喝下毒酒自尽。刘裕得知后大怒，于是改派褚淡之假意去探望褚皇后，命令自己的亲兵暗暗跟在后面。
褚皇后听到兄长来了，出外相见。就在这时，士兵们趁机翻墙而入，将毒药递给司马德文。司马德文摇头拒绝说：“佛教教义中说，人凡自杀，转世不能再投人胎。”士兵们见他不肯服毒，便一拥而上，用棉被蒙住他的脸面，用力扼死。这位年仅36岁的末代皇帝，就这样悲惨地离开了人世。
司马德文被杀后，谥号“恭皇帝”。“恭”字，在谥号中有着“尊贤贵义曰恭，敬事供上曰恭，尊贤敬让曰恭”的含义。但对于司马德文来说，这个谥号更多的是一种无奈和悲哀。他一生恭谨内敛，试图在乱世中挽救东晋的命运，但最终却成为了禅让制度下的牺牲品。
司马德文的一生，是悲剧的一生。他出生在东晋王朝风雨飘摇的时期，虽然有着挽救国家的志向和抱负，但却始终无法摆脱命运的安排。他在权臣的夹缝中生存，最终还是难逃被杀害的厄运。他的故事，成为了东晋王朝灭亡的一曲悲歌，也让后人看到了历史的残酷与无情。