与此同时，司马睿开始着手扩张势力范围。扬州的西部地区属于江州，江州刺史华轶自认为受朝廷任命，不愿意服从司马睿的命令。司马睿调周访至彭泽，对江州的治所豫章施压，继而强令江州改易长吏。遭到华轶的拒绝后，司马睿命王敦、甘卓及周访等合兵攻打江州，华轶兵败被杀，江州被占领。与此同时，豫州刺史裴宪也被司马睿派兵驱逐。由此，他将势力扩张到了长江中游。
永嘉六年（公元312年），从北方传来汉赵大将石勒准备兴兵南下的消息，建邺震动。不久，石勒引军骚掠豫州诸郡，临江而还，屯兵于葛陂，有渡淮入江、夺取建邺的打算。司马睿将主力全部集中在寿春，任命熟悉水势的纪瞻为扬威将军，统帅各部。由于连降三月大雨，石勒军饱受饥疾困扰，被迫撤退北上，江东形势这才化险为夷。
永嘉七年（公元313年），晋怀帝在平阳遇害，秦王司马邺在长安称帝，即晋愍帝。愍帝任命司马睿为左丞相、大都督，负责都督陕东诸军事，与右丞相、南阳王司马保“分陕而治”，试图拉拢他们共同抗击汉赵政权的攻势。但司马睿以“方平定江东，未暇北伐”为由，拒不执行愍帝要他收复洛阳的诏令。当居住在京口的祖逖上书要求出师北伐时，司马睿任命他为奋威将军、豫州刺史，只给了少量人员、物资，允许他自行募兵出击。
此时的司马睿，虽未称帝，但实际上已经成为江南地区的最高统治者。他在江南积极发展经济，稳定社会秩序，使得江南地区逐渐恢复生机。然而，随着势力的壮大，司马睿与士族之间的矛盾也逐渐显现出来。
在东晋建立的过程中，以王导、王敦为首的琅邪王氏家族贡献最大。王导居中执政，王敦则在外掌握军权，镇守武昌。王氏子弟遍布朝廷要职，形成了“王与马，共天下”的局面。司马睿虽对王导十分倚重，但对于王氏家族权力过大的状况，也感到不安。
建兴四年（公元316年），长安被汉赵军攻陷，晋愍帝被俘，西晋灭亡。次年三月，司马睿在群臣的劝说下，在建康（即建邺，为避愍帝司马邺讳改为建康）即晋王位，大赦天下，同时任命百官，在建康重建了晋朝的宗庙社稷。此时的司马睿，距离皇位仅一步之遥。
东晋建武二年（公元318年）三月，司马睿得知了晋愍帝去世的消息后，穿孝衣在草庐中为其服丧。当月二十六日，百官再次劝司马睿使用皇帝的尊号，司马睿终于同意，并于这一天登基称帝，改元太兴，东晋正式建立。
司马睿称帝后，开始着手加强皇权。他任用刘隗、刁协等人，采取了一系列措施来打压士族势力。在政治上，他采用申不害和韩非等法家人物的思想来治理国家，制定法规，惩罚不遵守法律的官员，以确立皇帝权威。他对朝廷中枢机构进行改革，将士族人士调离中枢机构，试图消减士族在朝政中的影响力。
在经济方面，司马睿两度下令彻查户口，把士族控制的人口转化为国家编户，有效充实了税收、军队来源，也在一定程度上打击了士族势力。他还采用侨州郡县制度，将北方流民保留北方籍贯的同时编入南方户籍，侨民户口登记为白籍以区别于江南当地人的黄籍，进一步充实国家税源、兵源，同时也借此取得了南迁地主的支持。
在军事上，司马睿任用一些宗室、心腹出镇地方，调用百姓、地主家奴充实军队，加强直属于自己的军事力量来抗衡士族。
然而，司马睿的这些举措引起了士族的强烈不满。永昌元年（公元322年），素有野心的王敦以诛刘隗为名，在武昌起兵，攻入建康。王敦的军队势如破竹，很快便控制了朝廷。他杀死了戴渊等司马睿的心腹大臣，将刘隗驱逐，司马睿被迫妥协，王敦成为东晋王朝的实际操控者。
王敦在训诫朝廷君臣后，退回武昌，但仍遥控朝廷。司马睿虽仍是皇帝，但已沦为傀儡，心中充满了愤懑与无奈。他眼睁睁地看着自己辛苦建立起来的政权，落入他人之手，却无能为力。在忧愤交加中，司马睿一病不起。
同年十一月，司马睿在宫中病逝，享年四十七岁。他死后，谥号元皇帝，庙号中宗，葬于建平陵。
司马睿的一生，充满了传奇色彩。他在西晋末年的乱世中，凭借着自己的智慧和勇气，在江南建立了东晋政权，延续了晋室的国祚。然而，他又受制于士族势力，无法真正实现自己的政治抱负。他所开创的“王与马，共天下”的局面，深刻影响了东晋乃至南朝的政治格局。司马睿的故事，是一个关于创业、权力与无奈的故事，也是一段中国历史上不可忽视的篇章。