与此同时，还有一位宁州人杜凤举也得知了此事。他深知此事关系重大，若不尽快上报，恐怕会对大唐造成不可挽回的损失，让无数百姓陷入水深火热之中。于是，他也急忙前往仁智宫，将这一情形详细地告知了李渊。
李渊听后，顿时怒不可遏，脸色变得铁青，犹如暴风雨来临前的天空。他拍案而起，大声咆哮道：“大胆李建成！竟敢如此胆大妄为，指使杨文干起兵叛乱，意图谋逆！朕本以为你身为太子，能够以大唐江山社稷为重，却不想你竟做出这等大逆不道之事！你简直是丧心病狂，罪无可恕！”李渊的声音充满了愤怒和失望，他的身体也因为愤怒而微微颤抖，仿佛随时都会爆发。
说完，李渊便借口有别的事情，以亲笔诏书传召李建成，让他前往仁智宫。他心想，一定要当面质问李建成，让他给个说法，看看他究竟为何如此大胆，竟敢做出这等背叛皇室、背叛大唐的事情。
李建成心中害怕极了，他深知自己此次犯下的罪行严重，一旦被父皇定罪，恐怕性命不保，整个家族也会因此蒙羞。他一时间慌了神，犹如热锅上的蚂蚁，不知所措。他不敢前去，心中充满了恐惧和绝望。
太子舍人徐师谟在一旁劝他占据京城长安，发兵起事，妄图以此来对抗李渊。他觉得，此时若不反抗，就只能坐以待毙，任人宰割。然而，詹事主簿赵弘智却深知此计不妥，连忙劝阻道：“太子，此时若起兵，无异于是以卵击石，自寻死路。太子不如免去太子的车驾章服，屏除随从人员，到仁智宫李渊那里去承认罪责，或许还有一线生机。父皇一向仁慈，或许会念在父子之情，饶恕太子这一次。”赵弘智的声音充满了担忧和关切，他希望李建成能够冷静下来，做出正确的选择。
李建成在两人的劝说下，权衡再三，最终决定前往仁智宫认罪。他心想，或许向父皇诚恳认错，还有一丝活命的机会，若是起兵反抗，那便是彻底与父皇决裂，再无回头之路。
李建成决定前往仁智宫。为避嫌疑，刚刚走完六十里的路程，他便将所属官员全部留下，只带领十多个人骑马前去觐见。当他见到李渊后，心中满是恐惧与悔恨，犹如惊弓之鸟。他连忙向父皇伏地叩头，承认罪责。他一边磕头，一边说道：“父皇，儿臣知错了，都是儿臣一时糊涂，才铸成如此大错。请父皇念在儿臣以往为国效力的份上，饶恕儿臣这一次。儿臣以后一定痛改前非，以大唐江山社稷为重，绝不再犯。”说到激动处，他竟猛然用力，自己摔了出去，几乎晕死过去。他的脸上满是泪水和汗水，头发也变得凌乱不堪，整个人显得狼狈至极。
李渊见他如此，怒气稍有缓和，但心中的伤痛却难以平复。他觉得自己对李建成寄予了厚望，没想到他却做出这等让自己失望透顶的事情。他还是将其囚禁在帐篷里，只给他麦饭充饥，让殿中监陈福看守着他。随后，李渊派遣司农卿宇文颖速去传召杨文干，想要弄清楚事情的真相，看看杨文干究竟为何要听从李建成的指使，起兵叛乱。
李元吉与宇文颖交好，便悄悄派人与宇文颖联系，让他告诉杨文干赶紧起兵。宇文颖念及与李元吉的交情，便照做了。他心想，若是帮助李元吉和李建成成功，自己也能得到不少好处。于是，杨文干在接到密报后，便起兵造反了。
李渊得知后，大惊失色，犹如五雷轰顶。他没想到事情会发展到如此地步，心中充满了懊悔和无奈。他连忙派遣左武卫将军钱九陇和灵州都督杨师道攻击杨文干，希望能够尽快平息这场叛乱，避免局势进一步恶化。
李渊传秦王李世民商议此事，李世民冷静分析道：“杨文干这小子竟敢做这种狂妄叛逆的勾当，想来他幕府的僚属应当已经将他擒获并杀掉了。如果不是这样，就应当派遣一员将领去讨伐他。他不过是跳梁小丑，不足为惧。”李世民的声音充满了自信和冷静，他对局势有着清晰的判断。
李渊却说道：“不能这样。杨文干的事情关连着李建成，恐怕响应他的人为数众多。你最好亲自前往，回来以后，我便将你立为太子。我不愿意效法隋文帝去诛杀自己的儿子，届时就把李建成降为蜀王。蜀中兵力薄弱，如果以后他能够侍奉你，你应该保全他的性命；如果他不肯侍奉你，你要捉拿他也容易啊。”李渊的声音中充满了无奈和疲惫，他不想看到兄弟相残的悲剧发生，希望能够以一种相对温和的方式解决这场危机。
李世民听后，心中虽有疑虑，但为了大唐的稳定，他还是领命带领军队出发平叛。他深知，此时国家面临着巨大的危机，自己作为大唐的一员，有责任和义务挺身而出，平息叛乱，维护国家的安宁。
李世民带领军队出发后，李元吉与后宫嫔妃轮番替李建成求情。李元吉苦苦哀求道：“父皇，太子虽有错，但毕竟是一母同胞的兄弟。他此次定是受人蛊惑，一时糊涂，才犯下大错。还望父皇念在以往的情分上，饶他这一次吧。更何况，太子若不在，日后我们兄弟之间恐怕更难以团结，大唐的江山社稷也会因此受到影响。”李元吉的声音中充满了哀求，他希望李渊能够网开一面，饶恕李建成。