王继恩大军在成都城里花天酒地，杀人如谑，作威作福。
淳（994，义军在张余的指挥下，沿长江而下，一路开挂，接连攻克戎州（今四川宜宾）、泸州、渝州（今重庆）、涪州（今四川涪陵）、忠州（今四川忠县）和万州（今四川万县）。
张余义军进攻忠州，知州崔遵度领甲士百余背城而战，义军“逾堞以入”，冲进城内。崔遵度无处躲藏，眼看就要成为俘虏，便投江尽忠，后被部下救起，狼狈逃窜。因守城失利，崔遵度被降为崇阳县令，移鹿邑。
义军围攻开州（今重庆开县），开州监军秦传序“督士卒，昼夜拒战，婴城既久，危蹙日甚”。夜里，不断有官兵偷偷越城而出，向义军投降，秦传序渐渐成了光杆司令。
吴蕴从成都逃出后，投奔了驻守在蜀州（今四川崇州）、邛州的义军将领马太保。同时派何彦惠、何承禄兄弟俩率一支轻骑，火速前往开州，协助张余作战。待稳定川东局势后，能伺机回师西进，再夺成都。
养兵千日，用兵一时。秦传序对众将士道：“我为监军，尽死节以守城，是我的职责所在，绝不会苟且偷生！”
城中缺粮，秦传序卖掉家财，买来酒肉犒劳守城将士。士卒们深受感动，纷纷表示要死战到底。
张余带领义军昼夜攻城，秦传序觉得开州恐难保全，他给太宗写了一封上千言的奏章，表明自己“尽力死战，誓不降贼”的决心，用蜡丸封了，派人偷偷出城，送往京师。
随后，将府上的家丁全都带上城楼，拼死守城。不久城破，秦传序投火而死。
秦传序，江宁人（今江苏南京江宁），家暂住荆湖一带，其子秦奭溯流而上，找寻父亲的尸体，到达夔州，船翻，不幸溺水而亡。父死于忠，子死于孝。世人听闻这个消息，都心生感慨。
秦传序父忠子孝，太宗收到秦传序的奏折，“嗟恻久之”，录秦传序次子秦煦为殿直，赏钱十万，以示对忠臣烈士的物质抚恤。
张余每占一地，就在当地开展“均贫富”的运动，此举深得穷苦百姓的拥护。不到半个月，义军兵力迅速发展到十余万人，同时拥有数百艘战船，组成一支力量雄厚的水陆大军。
义军率军马不停蹄，乘胜向夔州进军，并分兵进攻施州（今湖北恩施）。
却说宋将曹克明在雅州（今四川雅安）招募了一万多流民百姓，拉起一支队伍，筑起七座山寨，互相呼应，互为犄角，搞了个大包围圈，想让义军有来无回，困死在这里。
为了响应张余的义军，马太保也率军进攻雅州，正中了曹克明的圈套，义军遭到疯狂的屠杀，败回蜀州。曹克明率军出击，几番苦战，义军控制的蜀州、双流寨相继失陷，吴蕴、马太保不得不退守温江安国镇。
围追堵截
起义军死灰复燃，而且攻城夺寨势如破竹，太宗又坐立不安了，“这还没完了呢！”即令如京使白继赟为峡路都大巡检，率精兵数千入夔门，晨夜兼行，协同王继恩、尹元、雷有终镇压义军。
淳（994下旬，张余起义军列阵西津口，与白继赟所部对决，双方瞬间“矢石如雨”。
《皇宋通鉴长编纪事本末》载：“继赟入夔州，出贼不意，与巡检使解守颙腹背夹击之，贼众大败，斩首二万级，流骸塞川而下，水为之赤。夺得舟千余艘，甲铠数万计。”
义军正与白继赟战斗正酣，巡检使解守颙率军从侧翼杀出，义军腹背受敌，大败而走。此战，义军阵亡两万多将士，舟船损失千余艘，尸骸阻塞河道，江水都被染红了。
进攻施州的义军，也被施州指挥使黄希逊击败。义军遭受如此重创，形势极其不利，张余只得率军西撤。
六月，张余率义军攻占云安军（今重庆云阳）。
峡路行营宋军
在嘉陵江口，大败张罕的两万义军，又在合州西方溪再次击败义军，俘获斩杀无数。
七月，马太保所部义军进攻眉州，知州李简率兵坚守，义军围城一月有余而未能攻克，只好退兵。
淳（994）八月，由于官军长时间在蜀地用兵，西夏和大辽又不断滋扰边境，太宗有些不耐烦了，遂对参知政事赵昌言道：“西川本就是一个国家，太祖平之，讫今三十年矣。”
赵昌言知道太宗的意图，即上前用手指画攻取西川之策，太宗大喜，命其为川二州招安行营马步军都部署。
赵昌言再三推辞，太宗不准，赐其精良铠甲、宝马及白两，又赐手札数幅，均为讨贼方略，令从王继恩往下，均受赵昌言节度。
赵昌言，字仲谟，汾州孝义（今山西孝义市）人。父亲赵叡，曾任使府从事，太宗任开封尹时，任他为雍丘、太康二县令，后官至安、申观察判官。
赵昌言少有大志，太平兴国三年（978），戊寅科胡旦榜进士第三名。举进士时，由于他文思敏捷而名震考场，以贡部第一的身份参加了廷试。授任将作监丞，通判鄂州，后选任为荆湖转运副使，再知青州。入朝任职方员外郎，主持制诰，参与修撰《文苑英华》。
雍熙二年（985），主持贡举，因有亲属应举，为避嫌辞职，出京任知天雄军。曹彬、米信在歧沟关大败，赵昌言派观察支使郑蒙上疏，请求诛杀曹彬等人，太宗下诏表扬，召赵昌言入京任御史中丞。
太宗在金明池举行宴会，特地召他参加，宪官侍从皇帝宴会，从赵昌言开始。
赵昌言作事有气魄，为官以威断立名，朝中重臣寇凖等人对他评价很高。淳化四年（993年），为参知政事，力主镇压王小波、李顺起义。
峨眉山僧茂贞，略通法术，深得太宗的宠幸，对太宗道：“昌言鼻折山根，此反相也，不宜委以蜀事。”接着又有人上表说：“赵昌言素负重名，没有儿子，今手握重兵入蜀，恐后难制。”
太宗想了想也对，过了几天，太宗于北苑门召宰相吕蒙正道：“昨令赵昌言入蜀，朕思之有所未便。且蜀贼小丑，昌言大臣，没有必要叫赵昌言前往。暂且令他驻守凤翔（今陕西凤翔），只派内侍卫绍钦带我手书指挥军事，亦可济也。”
官场历来都是明争暗斗，参知政事赵昌言长相如此，能否胜任成都之事，已经无关紧要，关键是触动了一部分当权派的利益。赵昌言是副宰相，说话做事代表国家，连开国元勋曹彬都敢杀的人，还有什么他不敢干的，那些想为非作歹、贪赃枉法之辈，肯定招架不住。招架不住怎么办赶紧换人，换个人微言轻的过来，也好让这些人继续地为非作歹，蒙蔽圣听。太宗做事是宁可信其有，不可信其无，某些大师和近臣都这么说了，那你赵昌言肯定面相有问题，有问题只能换人。如果赵昌言长得真的有问题，他还能做到参知政事，富贵至此吗这就是宋朝的官场。
诏书追到时，赵昌言已到凤州，只得羁留在候馆，等候差事调遣，百余日无所事事。“贼平，改户部侍郎，罢政事，知凤翔府。徙澶、泾、延三州。”
内侍卫绍钦赍手书指挥峡路行营东路军军事，尹元与雷有终、裴庄、大将常思德、杨琼等分路进攻，攻克资、普二州，在云安军重创张余义军，重新恢复了云安军建制。
九月，峡路行营官军在卫绍钦的指挥下，在学射山（今成都市北十八里凤凰山）再败义军，副将杨琼收复蜀州。
没有对比就没有伤害，坐镇成都的王继恩觉得，功劳不能都让你卫绍钦抢了。命令曹习加紧出兵，取得安国镇大捷，诛杀统帅马太保，斩首三百余级，吴蕴败走。
峡路行营副将杨琼率军紧接着又收复邛州。杨琼赫赫战功，太宗闻报大喜，下诏嘉奖，并派专使到军中赐封杨琼为单州刺史。
王继恩大军在成都妄作胡为，只派部将王文寿领二千虎翼军，追击张余等义军，王文寿对待部下专横残暴，士兵多有怨恨。
十月的一天晚上，西川行营指挥使张璘，率亲兵闯入营帐，将睡梦中的王文寿砍死。当时光线昏暗，张璘怕杀错了人，用火把照看，确认无误后，率领手官军，投奔义军首领张余。义军和官军合兵一处，声势大振。
太宗闻报，便想下令将反叛官军的家属全部斩杀。
有近臣劝谏道：“陛下切勿滥杀，士卒叛逃，首恶为张璘，若害其家属，必激起叛逃士卒的更大愤慨，从而截断他们归心，应该释放叛逃士卒的家属，并派员去招抚，叛卒见家属无恙，必定反投朝廷，如此，贼人可破矣！”
太宗抚掌称妙，改为安抚为主，并派人到益州宣读赦免圣旨，不久，反叛的官军果然杀了张璘，将首级献与朝廷，叛逃士卒也回归朝廷。
十一月，吴蕴整兵再次攻打眉州，上官正、宿翰领兵出击，义军大败，大蜀宰相吴蕴被俘，英勇就义。
得到吴蕴牺牲的消息，张余心中极为悲愤。宿翰乘胜进攻嘉州，嘉州是义军的政治中心，张余决定立即出兵救援嘉州。行至沱江，得到战报，义军嘉州知州王文操与副将勾重荣勾结，开城投降，把嘉州拱手让给了官军。