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自玄殛离开业火山庄后，涯枭将收获的一些异兽残骸交给手下研究室后，发现面板上显示‘可穿越’，随即点开了穿越选项。
身份植入，锡安基地成员，阿道夫·莫里亚蒂……
《黑客帝国》世界开始……
融合分身记忆后，涯枭发现自己身处地球上最后一个人类据点——锡安基地。这个地方给人一种破旧、充满废墟的感觉，仿佛是被岁月和战争摧残过的地方。
这个世界被母体系统所控制，而现在，在尼奥等人的反抗操作下，母体系统已经决定“先下手为强”，开始第六次清除行动。
地下城市锡安（Zion）是人类和人工智能进行核战争后，仅存的最后一座人类城市，也是人类反抗军与机器作战的中心区和指挥部。这座地下城其实是由一连串中型洞窟组成，可容纳高达25万人。
地下城市锡安第一层是码头层，是一个配备重型武装的防御区域，人类飞船在这里停靠，接受充电和维修。第二层是生活层，是地下城市最大的组成，在地下岩壁凿出密密麻麻的地下洞窟是人类最后的栖息地，岩壁之间有立交桥般纵横交错的交通网道相连。
同时，锡安也是一座地下图书馆，保留了在“第一次机器战争”之后，残存的人类历史和文明遗存资料。
锡安基地位于地球深处，依靠地热作为能源，成为人类对抗atrix和机器之城的最后基地，基地的顶部和四周都装有厚重的防御层，其上满是岁月的痕迹。
这里是人类最后的希望，但微弱的防守力量根本不足以对抗即将到来的电子乌贼大军。
在这个基地里，集结了人类的最后力量！
战士们身穿银灰色的外骨骼机甲，机甲手持机枪，在昏黄的灯光下闪烁着冷硬的光泽，透露出一股苍凉感。
基地里的普通人也在为即将到来的战争而努力着，有的在帮着搬运物资，有的则在调试着手里的武器……所有人都在时刻警惕着电子乌贼的进攻。
战斗前夕，墨菲斯开始对全体锡安人动员，“锡安的同胞们！听我说。你们所听说的大部分都是真的，电脑召集的机器兵团正在逼近我们的家园，我们将有一场艰辛的硬战要打。
想要赢得这场战争的胜利，首先要斩除内心的恐惧。
我现在，站在这里，心中毫无惧意！
为什么？是因为我跟你们有着不同的信念吗？
不是！我能无惧的站在这是因为我记得，我记得我之所以能在这里，不是因为遵从前人所铺下的路，而是相信自己能创造属于我们的未来！
我记得我们跟这些机器对抗了百余年，我记得这百年来它们不停地派军队来企图消灭我们，经过了这一个世纪的战争我记得，最重要的一件事是我们依然活着！
今晚，让我们对机械军团宣战！
今晚，让我们感天动地！
今晚，让我们敲响这些钢铁和巨石的声音，传遍炙热地心到阴暗天空！
今晚，我们要让他们记住，这就是锡安，我们无所畏惧！”