马歇尔的功绩，力量与人格魅力让他很快得到了全团上下的承认，而针对于军团本身的自由气息，同时也是为了尽可能的塑造军团中央的权威，马歇尔也做出了一定的改革：也就是【真理之庭】制度。
【真理之庭】的存在让第二军团的思想不会是顽固不变的，它规定了：一旦有一种思想或流派得到了军团之中一定数量战士的认可，那么【会议】就会召开，第二军团的精英们会对这种思想进行考验、辩论与诘问，来决定它是否会成为军团认可的一种新思想。
这种制度让第二军团摆脱了固守己见的危险性，却也带来了另一些理论上不确定的因素：如果真的有人能提出一个看似无懈可击的观点，那么哪怕他的出发点可能并不好，也足以在军团里掀起波澜。
同时，【会议】也确立了【逆言无罪】的制度，确定了新思想的提出者不会因为其冒犯的言论而获罪，除非是在场绝大部分人的强烈要求下，才会判以监禁或者流放的罪名。
也正是这种制度，让第二军团日后对荷鲁斯大力推行的战士结社文化并不感冒：他们并不缺乏这种交流的平台，甚至在第二军团看来，战士结社实在是过于小家子气了，缺乏传播真正智慧的大辩论。
就这样，在马歇尔的治理下，第二军团迎来了鼎盛时期：他们一度拥有五万多名阿斯塔特战士，并与第一军团一同跟随着帝皇的亲自指引。
这种情况一直持续到统一战争末期，基因原体计划的实行与失利，让帝皇对第二军团的态度有了些变化。
人类之主开始频繁访问第二军团，他会接见军团的战士们，并且无私的点亮其中一些人的潜能：就比如说第二军团的第一名灵能者就是帝皇亲自指引的，当帝皇宣布自己将开始大远征的计划的时候，第二军团中已经出现了许多全新的流派，而【会议】也在不断的召开。
在这一阶段，人们有时会把逐渐显露出多种能力的第二军团与第一军团相媲美，事实上，两个军团从一开始就是类似于竞争对手的关系，但是这并不妨碍他们在战斗中互相托付背后与生命。
无数新流派的出现有利也有弊：它们既让军团呈现出了前所未有的繁荣，也加剧了军团内部的分歧，但是马歇尔成功的用威望压下了这一切，他将军团几十年来探索得到的强大武器紧握在了自己手里，同时不断弥合着军团内部的裂痕。
也正是在这种情况下，大远征，开始了。
——大远征的阴云——
作为当时帝皇麾下规模最为庞大的军团之一，第二军团的第一个任务就是与第九军团一起攻下海王星。
这是一个无比困难的挑战，因为海王星和它的卫星上布满了源自纷争时代的可怖变种人，他们拥有着百倍于阿斯塔特的数量和古怪的遗物武器。
军团在攻下海王星主星的过程中遭遇了前所未有的损失，超过一万名阿斯塔特血洒疆场，整个军团减员了至少四分之一，直到马歇尔动用了密库，海王星主星才被彻底的攻下。
随后，一场临时的【会议】在军团旗舰上展开，这是有史以来最为混乱的一场，每个流派都在互相指责，同时宣称自己的力量可以拯救军团，这一情况持续到一名禁军作为帝皇的特使闯入了殿堂之中，宣布了帝皇的命令：
每个流派将单独行动，攻击海王星的各个卫星，用实际的战果证明自己的力量。
尽管有些军官对这个命令有所顾虑，但最终军团还是决定按照帝皇的指示行动，然后，他们遭遇了最尴尬的结果。
也许是卫星上的变种人远不如主星上的强大，又也许是单纯的运气：每个流派都成功了，他们对自己的理念的信心也更加充足了，情况没有得到丝毫的缓解，反而更加暴烈了。
这种分裂显然影响到了军团的力量，同时他们也不断遭遇强大的敌人，征服的效率在帝皇的亲军中排名靠后，因此，理所当然的，第二军团的补给也不那么充足，也因为军团主流的迟迟无法确定，第二军团一直没有自己的母星，人数呈不断下降的趋势，无数惨烈战争所带来的损失都没有得到很好的补充，而由此也激发了各个派系之间愈发激烈的冲突。
马歇尔不得不经常冲锋陷阵，因为除了他自己，很少有战士能够完全服众，这种情况很快击垮了他：本就不完整的手术，屡次战斗的暗伤，还有【利用者】火炮那始终没有弥合的伤口，这个曾经强大的战士在一场空前激烈的混战后，终于再也不能冲锋在最前面了，他只能靠着空前的威望来平稳军团内部的纷争。
这种情况持续到瑞丽斯战争，在这场极度惨烈的围城战中，第二军团作为帝皇亲自选定的先锋，再次付出了超过一万人的伤亡代价，甚至发生了最新招募的战士全部战死的惨剧。
而在战争结束后，帝皇选择把第二军团交给了归来的荷鲁斯统帅。
——荷鲁斯与太阳之死——
荷鲁斯非常尊敬第二军团的力量，即使他发现了马歇尔的威望足以遏制自己的命令与意志，他也保持着表面的绝对友好。
对于第二军团，荷鲁斯处于一种患得患失的情绪：第二军团的密库与强大战斗力在荷鲁斯看来是胜利的一道保证，但是这个军团的资格实在是太老了，其中充斥着一大堆从统一战争走来的古战士，他们完全有能力与威望带领其他军团的战士甚至是影月苍狼来对抗荷鲁斯的意志。
虽然第二军团并没有这么做，但是荷鲁斯依旧感到了些许忧虑。
最终，基因原体选择了两套方法：他始终坚持【帝国法令】与【尊重军团独立自主性】，既没有调整第二军团靠后的补给排序，也没有插手第二军团的内部纷争，任凭他们自我消耗。
而另一方面，荷鲁斯以帝皇子嗣的身份与第二军团的老战士们交好，并很快运用强大的力量与人格魅力折服了包括马歇尔在内的很多老战士。
而面对马歇尔的困境，荷鲁斯则是提出了一个解决方案：主动分裂军团，让每个派系自由发挥，用实际情况来证明究竟哪一个才是最好的。
最终，马歇尔被原体说动了，也正是在这个时候，一个叫尼采的第二军团战士团结了一大批新锐士兵，要求举行新一届【会议】，马歇尔最终决定，两件事情在这一次同时处理。
在一个叫太阳之死的星系，第二军团新一届的【会议】举行了。
而尼采的发言震惊了所有人。
这位战士在发言中抨击了帝皇：他宣称军团的困境都是帝皇所为，人类之主显然在暗中助长军团的内部分裂，而一路上遭遇的无数强敌与补给困难也是帝皇的暗中软刀子。
尼采宣称，人类之主的目的非常的明显，就是要让第二军团成为他手中那条半死不活的饿狼：无论是接下来得到了帮助凤凰涅盘，还是没有援助渐渐消亡，这两种命运如今都被帝皇紧握在手里，且都是合理到让任何人无话可说的。
半死不活，这就是帝皇所渴望的第二军团的状态，伴随着大远征走上正轨，越来越多的原体回归，所有军团的力量也不断的膨胀，人类之主已经不再那么依赖于第二军团的力量了。
但即便如此，尼采却无法解释一点：那就是帝皇为什么要这么做，他为什么要针对第二军团。
由于无法自圆其说，同时，以马歇尔为首的老战士对帝皇的敬仰不可撼动，尼采最终被判为有罪，他和他最坚定的支持者通通被处以流放之刑，这支【失落舰队】就此离开了第二军团的主力，向着银河东北部前进。
【失落舰队】具体有多少阿斯塔特还是一个未知数，但是在它离开后，马歇尔不得不紧急征兵，包括赫克特在内的一批新兵就是这个时候入伍的。
此时，第二军团的人数只有一万到一万五千人左右，而同样在此时，大远征已经开始了五十多年，阿斯塔特战士的总人数已经达到了六七十万人。
【失落舰队】是第一批向帝国汇报冉丹异形二次入侵的帝国军队之一，而尼采本人则是在一次与冉丹的遭遇战中阵亡，但他的追随者们拒绝了回归的命令，他们选出了新的领袖，开始在帝国的边缘区域不断地战斗与探索。
而接下来的会议中，马歇尔试图弥合军团的最后努力也失败了，他不得不拆分了军团，公平的分成了几个舰队，同时向他们下达了三条命令：
一，竭尽全力的完成帝国与帝皇发布的命令，证明第二军团的忠诚与价值。
二，竭尽全力的扩大自身，招募新的士兵与战士，保证军团的存续。
三，尽可能的寻找到原体，因为只有原体的力量与地位能够解决军团的问题。
最终，这个曾经辉煌的军团迎来了自己的分裂，马歇尔率领着军团的主要力量与秘密武器库跟随在荷鲁斯的身边，而分散出来的舰队们则是奔赴了各个战场，其中有一支开往了银河东北部，那里正爆发着全银河最惨烈的战争。