林夜带着洛清瑶的克隆体，回到了面目全非的现实世界。黄河的星砂瀑布如咆哮的巨龙，奔腾不息，星砂在阳光的照耀下闪烁着诡异的光芒；珠穆朗玛峰上的巨型星纹水晶散发着神秘的气息，仿佛在诉说着这场灾难的恐怖。佛国联军虽已在混乱中逐渐恢复秩序，但他们的眼神中仍充满了震惊与迷茫，对眼前发生的一切不知所措。
林夜找了一个相对安全的地方安置好洛清瑶的克隆体，他的心中满是忧虑与坚定。忧虑的是如何唤醒洛清瑶，以及修复这个被初代破坏得千疮百孔的世界；坚定的是无论前方有多少艰难险阻，他都绝不退缩。然而，还没等他静下心来思考下一步的行动，整个宇宙再次发生了翻天覆地的变化。
九具星棺如同受到了某种神秘力量的召唤，在超维空间中缓缓移动，逐渐拼合在一起。它们散发着强大的光芒，每一具星棺都蕴含着难以估量的能量。随着星棺的不断靠近，空间开始扭曲，时间仿佛也失去了意义。最终，九具星棺成功拼合为创世明王。创世明王的身形巨大无比，仿佛能够撑起整个宇宙。他散发着威严而神圣的气息，眼神中却透露出一丝神秘与未知。
而此时的林夜，竟被一股无形的力量禁锢在明王心脏的位置。他能清晰地感受到明王心脏的跳动，每一次跳动都伴随着强大的能量波动。林夜试图挣脱这股禁锢的力量，但却发现自己的挣扎毫无作用。他环顾四周，只见药王谷、佛国与星骸黑市的联军已经发动了终焉打击。炮火如雨点般朝着创世明王袭来，在明王体表炸出一个个巨大的坑洞，每个坑洞之中，都逐渐浮现出七百二十个文明墓碑。墓碑上刻满了神秘的符文和图案，仿佛在诉说着这些文明曾经的辉煌与衰落。
“这到底是怎么回事？为什么会变成这样？”林夜心中充满了疑惑和震惊。他试图弄清楚眼前的状况，但却发现一切都超出了他的理解范围。
就在这时，明王心脏迸发的能量波携带所有轮回记忆，如同汹涌的潮水般涌入林夜的脑海。在这股记忆洪流中，林夜看到了无数个轮回中的自己和洛清瑶，看到了他们的欢笑、泪水、战斗与牺牲。同时，他也看到了初代在能量流中狂笑：“新宇宙只需要绝对理性的神...”初代的声音充满了疯狂和贪婪，他妄图创造一个完全由他掌控的新宇宙，一个没有情感、只有绝对理性的宇宙。
林夜听着初代的话，心中充满了愤怒：“初代，你这个疯子！你以为这样就能创造出一个美好的宇宙吗？没有情感的宇宙，只是一个冰冷的机器！”
然而，初代的声音依旧在他耳边回荡：“林夜，你太天真了。只有绝对理性，才能让宇宙真正地稳定和发展。你们这些被情感束缚的生物，只会让宇宙陷入无尽的混乱和纷争。”
在与初代的精神对抗中，林夜发现了创世明王更为惊人的秘密。明王的经络系统由往生客栈的银铃串联而成，每一个银铃都散发着柔和的光芒，仿佛在诉说着往生客栈的神秘故事。而明王的每个穴位，竟然都是星骸黑市的交易站。这些交易站中，涌动着星髓，星髓呈现出洛清瑶最后的微笑。那微笑如同一束温暖的阳光，穿透了林夜心中的阴霾，给予他力量和希望。
“清瑶……”林夜看着星髓中洛清瑶的微笑，心中充满了思念和坚定。他知道，无论如何，他都不能让初代的阴谋得逞，他要拯救这个宇宙，也要唤醒洛清瑶。
但摆在林夜面前的，是一个艰难的终极抉择。引爆明王核心，或许可以摧毁初代，终结这场可怕的灾难，但这也将抹除所有文明的痕迹，无数生命将永远消失，宇宙将陷入一片死寂。而继承神格，他将获得强大的力量，有可能复活洛清瑶，但这也意味着他将成为新代格式化者，按照初代的理念重塑宇宙，让宇宙失去情感的温度。
林夜陷入了痛苦的挣扎，他的内心仿佛有两个声音在不断地争吵。一个声音告诉他，为了拯救宇宙，为了不让所有文明消失，他必须引爆明王核心；另一个声音则说，为了洛清瑶，为了那份深深的爱，他应该继承神格。
在这艰难的抉择中，林夜的脑海中不断浮现出与洛清瑶相处的点点滴滴。他们在星空下的漫步，在战斗中的相互扶持，那些美好的回忆如同璀璨的星辰，照亮了他心中的黑暗。同时，他也想到了宇宙中无数的生命，他们的欢笑、希望和梦想，都在等待着他的拯救。
“我不能让所有文明消失，也不能失去清瑶……”林夜在心中呐喊，他试图找到一个两全其美的办法，但却发现一切都是那么的艰难。
时间在这一刻仿佛凝固，林夜的每一次呼吸都显得那么沉重。药王谷、佛国与星骸黑市联军的炮火仍在继续，创世明王的体表已经布满了伤痕，文明墓碑在炮火中若隐若现。林夜知道，他不能再这样犹豫不决，必须尽快做出决定。
终于，林夜缓缓伸出手，朝着神格的方向摸去。他的心中充满了矛盾和痛苦，但他知道，这或许是他唯一的选择。当他的手指即将触碰到神格时，明王的瞳孔突然映出第三章画面——九具星棺在超维风暴中重组为生命母树。生命母树的树冠巨大无比，上面悬挂着药王谷、佛国与黑市融合的新文明果实。果实散发着诱人的光芒，仿佛蕴含着无尽的生机和希望。而在树干上，刻着初代最后的警告：“容器终将反噬...”
林夜看着明王瞳孔中的画面，心中充满了疑惑和震惊：“这是什么意思？容器终将反噬？初代到底还隐藏了什么秘密？”
还没等林夜弄清楚状况，周围的局势再次发生了变化。创世明王的身体开始剧烈颤抖，能量波动变得越来越不稳定。林夜能感觉到，明王的核心正在逐渐失控，如果不尽快采取措施，整个宇宙都将面临毁灭的危险。