陈默和秦轩带着三种力量回到人道宗，却发现内部气氛紧张。机械反抗军在暗处蠢蠢欲动，而外部，机械主宰和暗影教徒的联合大军已经兵临城下。联合大军的阵容空前强大，机械主宰的新型战舰搭载着威力巨大的毁灭武器，暗影教徒则在战舰周围布下黑暗迷雾，让战舰隐匿其中，难以捉摸。
面对内忧外患，陈默和秦轩决定先解封奇书，获取其中的力量，以应对危机。他们将元素之心、时空之钥和灵魂结晶放置在奇书周围，按照特定的顺序引导力量注入。奇书缓缓亮起，散发出神秘的光芒，其中的秘密逐渐浮现。原来，奇书记录的是一种能够平衡宇宙万物的“共生法则”，并非掌控力量的霸权之法。
就在奇书解封的瞬间，机械反抗军发动了突袭，企图抢夺奇书。陈默和秦轩一边抵挡机械反抗军，一边将“共生法则”的理念传递给众人。在激烈的冲突中，部分机械反抗军被说服，意识到自己的错误，转而加入陈默和秦轩的阵营。
解决内部危机后，陈默和秦轩带领联盟成员迎战机械主宰和暗影教徒的联合大军。陈默运用“共生法则”，将各维度的力量融合在一起，形成了一道坚不可摧的防御屏障，同时引导力量反击。秦轩则利用时空之钥，扰乱敌人的时间和空间，让他们的攻击陷入混乱。
织梦者、绿之守护者、光之子等各维度的强者纷纷发挥自己的特长，与敌人展开殊死搏斗。在激烈的战斗中，机械主宰和暗影教徒逐渐陷入劣势。机械主宰的战舰被摧毁大半，暗影教徒的黑暗迷雾也被光明力量驱散。
最终，机械主宰和暗影教徒的联合大军被彻底击败。机械主宰被生擒，暗影教徒四散而逃。陈默和秦轩并没有对他们赶尽杀绝，而是向他们阐述了“共生法则”的理念，希望他们能够放下执念，共同维护宇宙的和平。
经过这场大战，各维度之间的联系更加紧密，一个以“共生法则”为基础的多元宇宙联盟正式成立。陈默和秦轩成为了联盟的核心领导者，他们继续探索宇宙的奥秘，守护着多元宇宙的和平与安宁，而奇书的秘密，也成为了宇宙中所有生命共同守护的智慧宝藏。
多元宇宙联盟成立后，陈默与秦轩本以为能迎来长久的和平，可新的问题接踵而至。随着联盟的发展，资源分配不均的矛盾逐渐凸显。科技发达的维度对资源需求巨大，而自然维度的资源产出有限，双方时常为此产生摩擦。
更棘手的是，暗影教徒虽被击退，但残党隐匿在各个维度的暗处，暗中破坏联盟设施，制造混乱。他们蛊惑部分弱小维度，传播对联盟的不满，导致一些维度对联盟的信任产生动摇。
陈默与秦轩为稳定联盟四处奔走。陈默穿梭在各维度间调解矛盾，用“共生法则”说服各方，引导他们建立公平的资源分配机制；秦轩则带领联盟的精锐部队，追踪暗影教徒的踪迹，打击他们的破坏行动。