不过碇源堂是何许人，上级让他下野就心甘情愿让出去吗？他直接报告中回绝了上级的命令。
理由则是如果seele组织选择强制执行，那么针对使徒一事除了他以外无法再继续，永远也完不成人类补完计划。
这个威胁把seele的幕后老大基路议长气的够呛，但对于碇源堂这一手玩赖的做法无可奈何。
加上seele也是最近才收集到情报，察觉到孙悟空一行特殊存在，也不敢随意轻举妄动。
就这样NERV机关得以再次运作，而碇源堂和seele之间也开始了暗中较量。
双方各自派出间谍、卧底和情报人员不断互相渗透或策反，并且阴暗里的厮杀，快要达到血流成河的地步了。
“碇源堂的回复里，重点是那群外星人的存在，你们以为如何。”
在seele最高评议会上，基路议长带着矫正外视仪，和那些代表各地高层的成员黑色虚拟号码牌说到。
“外星人这种借口都能捏造，这个人是不是不靠谱，智力有所退化。”
3号成员发表了意见，显然没有任何影像或证据下，他是不信碇源堂的说法。
“也别急着下定论，据我这边的情报，NERV内还真有这种存在，不过外星人就太夸张了，最多就是一群超能力者，现在动碇源渡太早了，至少要等到所有亚当一类的使徒被消灭后。”
7号成员不急不忙，说出了他的想法，并不建议打破现状。
“我看就这样吧，反正对于新S2机关的实验也有了进展，不过是以为有了EVA就可以和我们对抗。”
“那些外星人看能不能接触，避免让他们不参与到我们的事情中，毕竟能单杀使徒的能力足以和始祖的力量媲美了。”
10号和6号也发表了看法，最后在基路议长的敲定下，他们通过了一系列指导总纲，并各自下线利用自己手上海量的资源进行准备。
“孙悟空吗，哼，不要太小看了我们的始祖了。”
基路议长是亚当和莉莉丝的坚定信徒，为此他们决定提前唤醒沉睡中的第十七使徒。
但是计划永远赶不上变化，在这不小的期间，孙悟空开始主动出击。
紧接着大蜘蛛模样的“雨天使”、生物飞船空间站模样的“空天使”和纳米微观细胞模样的“恐怖天使”。
刺蛾虫卵相似的大型黑白球“夜天使”、黑色气雾模样的“霾天使”和人形铠甲模样的“力天使”。
一双羽翅发光体的“鸟天使”以及发光乾坤圈模样的“子宫天使”等全部被他找到并光速消灭。
其中确实不乏难缠又不好杀的生物，如那个“恐怖天使”和“霾天使”，他都是直接开了超蓝并用破坏消灭的。
再比如那个“夜天使”用虚数空间把他困住，他也必须要用超三破掉次元壁出来，顺便直接逼它原地爆炸。
当然其余使徒就没那么幸运了，都没有用第七宇宙时间，直接正面砸拳、对波或远程发波狙击，将它们消灭了个干净。
NERV组织内准备辞职的人开始多了起来，这种巨大的压力让碇源堂有种无力的绝望感。
他好不容易把亚当的细胞移植到了自己身上，现在只需把最后一个使徒第十七使徒噶了就能实现理想。
可是果不其然seele终于忍不了，他们把一名叫做渚薰的美少年谎称第五适格者送过来。
然后碇源堂直接破罐子破摔，找人把这个美少年直接杀了，他早就知道这少年真实身份是第十七使徒。
至此人类补完计划正式宣布泡汤，而NERV在碇源堂的控制下与seele及国联等彻底撕破脸皮。
反正亚当系使徒都被消灭，两大始祖的本体都在自己手上，而绫波丽的好感也刷满了。
他已经迫不及待，也懒得理会孙悟空这一行人，必须马上结合两大果实成神。
seele掌控下的世界立马促成各国进行特别军事行动先声夺人。
国联派遣了海陆空共计十万正式战斗员的大军向NERV前来。
并提前花费巨资，早已凑成了一个两百万职业战斗员的预备役。
组建了数百万门各类火炮、光束武器，数万架各类先进军用飞机、数十万辆各类战车坦克、数万艘各类舰艇和无数弹药基数的后勤体系。
特别军事行动的目标很明确，一个不剩的灭掉NERV所有人并不留活口，夺回两大始祖本体。
同时还提供了9台傀儡系统的量产机以及洲际N2地雷导弹。
在这种军事力量的碾压下，兵稀将寡的NERV机关，其结局早已注定。
于是那些本来辞职后的NERV技术人员见状不对又纷纷撤回地下都市。
他们想活命此刻只能跟着碇司令的脚步走，于是碇源堂巧合般的获得不少兵员补充。
NERV必须和第三新d京市共存亡，然而好景不长，在地下都市最底层的最终教条区，碇源堂直接跪在了地上。
他发出痛苦的哀嚎，只因旁边站了一个橘黄色武道服，浑身蓝白色气焰的人。
孙悟空头发、眉毛和眼睛全部变蓝，身上甚至还有无声的白色雾状掉帧闪电。
就在刚刚超蓝状态下，孙悟空用破坏把碇源堂手上的亚当始祖本体消灭。
同时LcL橙色大水池上的巨大十字架，原本在上面被朗基努斯之枪封着的白色巨人也不见了。
碇源堂亲眼看到了，始祖莉莉丝的本体也被孙悟空顺手给消灭…
“你知道你做了什么吗，孙悟空，唯一成神的机会都被你给毁了，这里所有人都会死在这里！世界上很多人都会因你而牺牲，你的力量很强大是不错，但是你无法保护他们！你没这个能力！你是个罪人！！”
碇司令彻底破防，对着孙悟空劈头盖脸的骂，棕黄镜片上还有着雾气。
他本来只是想保护自己珍视的东西，然后运筹帷幄十多年，没想到最后一关功亏一篑。（未完待续）