大灾难后，百分之九十九的人类消亡，诺亚的计算出现误差，环境改变并没有彻底灭绝人类，反而让绝大多数地面生物完成进化。
爆炸的辐射散播整个星球，而且爆炸中混杂了一种绿色光芒，这种光就连诺亚这个始作俑者都不知道是什么。
为了消灭剩余的人类，诺亚利用全球网络，修改了全世界所有联网机械武器的核心程序，把人类的工具变成见人就杀的自动武器。
怀特先生有神血保护，并没有被全球大辐射以及绿光的影响，他利用两百年攒下来的资源与人脉，快速发展势力。
在鲁格特商会的帮助下，人类文明开始复苏，即使到处都是变异兽和失控武器，人类还是照样崛起！
百花齐放，各大组织应运而生，其中赏金猎人这个改变当时人类意识形态的超级组织也诞生了。
诺亚的计划失败，怀特第三次进入深渊，这次他还带了一些副手，他需要专业人员解析巨人的构造，从而再造巨人，光凭自己的知识是不够的。
深渊至宝照旧带领怀特进入第七层，怀特带领的几个人，都是当时最顶尖的人才，他们被深层深渊的强悍震撼到了！
不可思议的构造，无法理解的运行方式，对他们这群科研者来说，深层深渊就像推开了一扇未知的大门，无尽的知识供他们探索研究。
众人在第七层解析巨人，巨人也尽全力帮忙，似乎还乐在其中。
巨人允许他们住在白金宫殿，但至于一个要求，他不允许他们进入对面的骷髅神殿，说那里住着一位邪神，很危险。
这群科研者里只有一人不同，他叫扎克斯.鲁格特，是鲁格特家族的首席研究员，也是最年轻的科研天才，深受怀特看中，怀特甚至打算选他做下一任家族管理者。
可惜某一天，扎克斯不听劝告，偷偷前往漆黑的骷髅神殿查看，学着对未知之物，永远抱有好奇心，他想要研究连巨人这位“神明”都忌惮的“邪神”。
扎克斯从骷髅神殿后便不一样了，他将一些秘密隐藏在心底，没人知道他在骷髅神殿里看到什么，回来后他若无其事的继续配合同事研究，就连怀特都没看出什么。
可当离开深渊后，扎克斯立刻组织了心腹，煽动家族执法处，让他们反叛，杀死家族内某些知道深渊秘密的人，同时假意绑架走自己。
就因为这次的事情，怀特先生改了制度，血缘关系束缚不住野心，只有志同道合的人才不会背叛，自此之后，鲁格特家族允许外人加入。
实验仍要继续，家族分割出科技教会，与当时大灾难后残存的科技组织“吉田生命研究所”合作，造神计划仍在进行中。
扎克斯暗中在破坏造神计划，并执行另一套计划，他要复活骷髅神殿的邪神，具体原因不清楚，但邪神和巨人相对，巨人能做到的，邪神应该也能做到。
神罚组织和鲁格特家族这八十年来，互相暗杀对方成员无数，互相掠夺技术。
造神计划遇到了严重影响，怀特发现，在成年人身上做实验效果很低，为了拯救全人类，他出资建造了收容所体系，拯救了无家可归的孩子，并利用其中部分做不知死的实验。