一平看着小智和甲贺忍蛙，惊讶道：“这场对战时我输了，但是刚才的那个状态......头领！”
半藏点了点头道：“一平，带小智去祠堂吧！”
一平道：“是！”
一平带着小智去了祠堂，二平和三平则带着希特隆他们在村子里观光。忍者村的祠堂在地下，小智走进其中就看到了祠堂中供奉的三幅画像，一幅是勇士雄鹰，一幅是食蚁炉，最中间的那幅是甲贺忍蛙，但姿态与小智般甲贺忍蛙的形象几乎一样。
一平介绍道：“据记载，很久以前村子里忍者与忍者之间相互战斗是常规，那个时候挺身战斗保护村子的就是这三只宝可梦，而这三只宝可梦的领导着就是中间的那只甲贺忍蛙。其实我也是因为这样才选择呱呱泡蛙当伙伴的。小智先生，相信你也看出来了，英雄甲贺忍蛙和你的甲贺忍蛙的外形很像。”
小智道：“或许我的甲贺忍蛙就是英雄的后代吧！”
忽然间，天空中出现了许多只得盔甲鸟，它们齐齐使用了加农光炮进行扫射，似乎要将忍者村夷为平地。
地下祠堂中的小智和一平也听到了报警装置响起的声音，小智道：“敌袭？”
一平道：“应该是了！我去看看，小智先生你去找三平保护头领。”
小智道：“小心点！”
小智找到三平和希特隆他们并不难，莎莉娜问道：“小智，外面发生了什么事？”
小智道：“盔甲鸟袭击了村子！三平你们大家先去半藏先生那里！”
三平道：“我知道了，跟我来！大家往这边走！”
小智带着皮卡丘来到了外面，十万伏特挡下了加农光炮，小智道：“没事吧！大家不要惊慌。一平疏散大家去避难，这里就交给我了！”
二平带着妙蛙花站在了小智的身边道：“大哥，我留下帮小智先生！”
一平道：“你们小心！”
小智道：“这群盔甲鸟训练有素，不是野生的宝可梦，像是先头部队来扰乱我们的。那就速战速决，达克莱伊使用黑洞！”
达克莱伊出手，空中的几只盔甲鸟瞬间就被放倒，一只只直直坠落了下来。
但袭击忍者村的人真正的目标是忍者村的首领半藏！
三平和希特隆他们来到半藏的房间没过几分钟，一股刺骨的寒意朝众人袭来。三平挡在了莎莉娜和柚丽嘉的前面。一个戴着双斧战龙面具的男人出现在门口，他的身后的几人也戴着宝可梦的面具。
男人道：“忍者村的头领半藏，我们是前来要你本人的！”说着他身后的两人一跃而起，往地上扔了东西，瞬间黑雾就遍布了房间，众人的视线都被模糊了。
男人的阿利多斯趁机用吐丝将半藏捆了个严严实实，半藏老爷子没有任何反抗就被带走了。希特隆和莎莉娜派出了宝可梦前去追击，长尾火狐和伦琴猫被一只劈斩司令拦下了，才藏带着龟足巨铠支援下的情况下，最终还失去了这群人的踪迹。
一平和小智追到这里的时候，那群人已经完全不知道往哪个方向跑了。
三平道：“一平哥怎么办？头领被人带走了！”
小智都说了让他们保护好头领，他却还是被人带走了，三平对此很是自责。
一平道：“我派人去找！”一平吩咐了二平和三平先留在了村子里安抚村民们，自己带着人去找，只是什么都没有找到，这群人似乎很熟悉忍者村的路线。
夜晚，众人围在一起商量怎么去救半藏。才藏道：“带走头领的应该是景友！要不然不可能会这么熟悉村子里的路线。”