杰可罗拉群岛的旅行在客船抵达了枯叶市后，也预示着小智合众地区的旅行结束了！三色堇要去真新镇访问大木博士与小智一起，艾莉丝要去城都地区的烟墨市，天桐要去芳缘地区武斗镇参加哈奇老人举办的钓鱼大会。
小智道：“那么我们到这里就要分别了！枯叶市有直接到达金黄市的地下铁，金黄市有转乘的地下铁能直接到满金市，从满金市到烟墨市也就不远了。天桐你可以去到城都的浅葱市那里也有直接到芳缘的客船。”
天桐兴奋道：“真是期待呢！艾莉丝那我们到半途都还可以一起行动喽！”
小智和三色堇送天桐和艾莉丝到了列车站，三色堇还特意去买了枯叶市的特产铁甲贝便当。
小智道：“艾莉丝接下来在小椿小姐那边要好好修行哦！天桐钓鱼比赛要加油哦！”
两人同时点头，艾莉丝道：“能跟老师一起旅行，我觉得很开心呢！”
天桐道：“我从小智身上学到了很多，这真是一场非常有意义的旅行呢！”
随着广播中发车的声音响起，列车门缓缓关上了，艾莉丝不舍道：“老师再见了！”
天桐道：“小智以后再见吧！”
小智道：“祝你们旅程愉快！”
天桐和艾莉丝离开了，小智的合众之旅落下了帷幕。
真新镇外，小智笑道：“有段时间没有回来了！皮卡丘怀念吗？”
“皮卡！”
小智道：“三色堇小姐，你只要顺着这条路就能直接到大木博士的研究所了！我要先回家一趟！”
三色堇笑道：“好，那小智博士就等会见了！”
小智推开了家门，吸盘魔偶就扑向了小智，小智道：“吸盘魔偶你还好吗？”
“吧里吧里！”吸盘魔偶点了点头。
“欢迎回来！”两道声音同时响起，花子和小霞一起走了出来。
皮卡丘从小智的肩膀上跳到了花子的怀中，花子道：“欢迎小智和小皮卡回家！”
小智道：“我回来了！小霞！”
小霞拿过小智的背包道：“你难得回来，我跟科拿小姐请了假，要来帮你庆祝的嘛！洗澡水已经放好了，小智你和皮卡丘都先去洗洗换身干净的衣服吧！”
小智满意的点了点头，将小霞揽入了怀中，笑道：“我的小霞就是温柔！小刚见到的话只怕会吓死！那我就先去洗澡了！皮卡丘走喽！”
盛大的庆功宴开始，这次的庆功宴是在阿尔萨斯自然公园中举办的，小智所有的宝可梦都参加了，三色堇还是第一次见到这许许多多的神兽同聚一堂的样子忙着拍照片，吃都几乎没有顾上。
火箭队三人的那边，他们回到了关东之后就先回了总部，他们将这次等离子团覆灭的消息当作他们的成果汇报给了坂木。坂木询问道：“那之后呢？还有什么成果？”