返回苑之镇宝可梦中心的小智一行人，在救出了帅哥、武藏和小次郎后，时间也已经晚了，所以便决定在宝可梦中心休息一晚，第二天再出发。
小智三人当晚，同时做了一个梦！在一个五彩缤纷、色彩斑斓的空间中，亚克诺姆、艾姆利多和由克希在小智三人的面前现身了，只是很快这个彩色的世界被黑暗吞噬，一团黑影将三只宝可梦整个的吞噬。
此时他们同时从梦中惊醒，小智道：“小刚、小光你们刚才也做梦了吧！亚克诺姆它们有危险了！”小智突然感受到了亚克诺姆的危险，他道：“我们立刻赶去立志湖，银河队对亚克诺姆动手了！”
路上小智直接拨通了竹兰的电话，告知了立志湖的事情，竹兰告诉小智现在在立志湖的是小茂。小智再次拨通了小茂的手机，这次看小茂能拖多久了。小智三人直接从空间中直接到达了立志湖湖畔。
天刚蒙蒙亮，立志湖的上空出现了银河队的飞艇，岁星下命令道：“立刻下降高度到500，准备投掷银河炸弹！”
小茂接到了小智电话后，就发现了银河队。小茂向山梨博士的研究所汇报道：“山梨博士，这里立志湖的小茂，银河队开始行动了！我先前往拖延！”
山梨博士博士这边立刻联系了心齐湖的勇造和睿智湖的芥子兰博士。小茂这边正欲行动，镇星的毒骷蛙从背后偷袭了小茂，小茂电击魔兽接下了毒骷蛙的恶之波动，因此也没有后续继续战斗的能力。
小茂收回了电击魔兽，派出了月亮伊布和水箭龟，水箭龟已经完成了超级进化，镇星一个人就将小茂牵制住了，他无法腾出手去救亚克诺姆。
银河炸弹已经被猎人J投入了立志湖中，亚克诺姆从立志湖中现身了！
小茂道：“这是什么？”
镇星道：“我来解释一下吧！这是银河炸弹，是从帷幕市的陨石能源制造出来的。可以将空间炸出巨大的开口的炸弹。亚克诺姆并不是像传说中的就住在湖中，而是在以湖泊为形式存在的通往异空间的门中。一直注视着我们的世界！”
亚克诺姆现身后，睿智湖和心齐湖中异空间之门也开启了。
亚克诺姆在银河队的强大攻势下已经被银河队已经捕获成功了，小智三人来晚了一步，亚克诺姆已经被带走了。
不过跟小茂交手的镇星就没有这么好的运气了，小智的皮卡丘直接将毒骷蛙废了，随后赶到了君莎小姐将镇星带走，送进了监狱。
小智道：“小茂你没事吧！”
小茂傲娇道：“你看我像有事的样子吗？只是那个叫镇星的宝可梦太难缠了。”
小智道：“既然没事我们现在就去天冠山！银河队的目的地就是在天冠山！”
他们同时点了点头，下一刻一行人就出现在了天冠山。
天冠山上，火箭队意外又与帅哥汇合了，帅哥对火箭队三人道：“你们也来了！现在的天冠山整个都在银河的监视之下，说不定他们早就已经发现我们的行踪了！”
竹兰道：“他们已经知道了！”竹兰也赶到了天冠山，她听到了帅哥的话。
帅哥担忧道：“竹兰小姐，神奥三湖中的宝可梦......”帅哥听小智说过目前银河队的目标是三湖中的亚克诺姆它们，竹兰出现在了，是不是就意味着银河队已经得手了？
竹兰道：“小智他们晚了一步！现在相信他们也正在往天冠山赶。”
帅哥严肃道：“只希望他们来得及！”
枪之柱，传说中阿尔宙斯就是在这里创造了骑拉帝纳、帝牙卢卡以及帕鲁奇亚。借助小智的波导之力达到天冠山的小智四人，也很快与帅哥以及竹兰汇合。
此时的银河队总部中，冥王正在把红锁链的石头用在控制三圣菇身上。红锁链被放置在了三圣菇的额头上，红光如波浪般荡开，三圣菇同时痛苦的叫出了声。正在枪之柱外的小智三人的头突然一阵疼痛，小智三人居然被瞬间移动了！下一秒就出现在了三圣菇的面前。
冥王笑道：“果然成功了，帷幕市的陨石果然是阿尔宙斯创造星球的碎片！里面充满了神明的力量！”
赤日笑容满面的看着被完全控制的三圣菇，他的理想要实现了！
竹兰他们见小智三人突然消失，也明白了是三圣菇的召唤。
竹兰和帅哥他们按兵不动，继续守在了枪之柱这里。小智三人见到三圣菇被控制之后也开始了动手，胖丁出场就瞬间放倒了一群大嘴蝠。但是三圣菇却跟在了赤日的身后，离开了！