椿回到海底世界的家，陷入了无尽的自责与内疚中，整日里闷闷不乐，心事重重。
椿的爷爷告诉她，人类死后，身体归于尘土，灵魂会来到海底世界。好人变成一条鱼，由灵婆管理，坏人则变成老鼠，由鼠婆管理。
那一日，椿一个人来到山崖边，默默地吹起了那个人类少年的陶笛，笛声哀婉间，身后一尊古老的神像忽然开口说话了！
神像告诉她，若想救那个人类少年，需要去如升楼找灵婆做交易，可以换回少年的灵魂，帮助少年复活。神像还给了她一个核桃模样的信物，教她找到灵婆的方法。
根据神像的指引，椿找到了灵婆，用自己一半的寿命换回了人类少年的灵魂。此时，那个少年的灵魂，还是一条很小很小的鱼，沉睡在一个小小的玻璃鱼缸里。
灵婆取走了椿一半的寿命，并将她剩下的灵魂与少年的灵魂相融在一起，唤醒了那条小鱼。
灵婆告诉椿，要照顾好这条小鱼，把他养大，大到可以独自飞上天际，便能通过海天之门，回到人间，作回那个海边的少年。但是，复活后的少年，将不会记得海底世界的一切，也不会记得她。
椿觉得，只要能让少年复活，只要能弥补自己犯下的错，她什么都可以不在乎。于是，她很开心地把小鱼捧回了家，取名为鲲。
椿有一个青梅竹马的好朋友，名字叫湫，比她大一岁。湫不知道鲲的来历，但他喜欢椿，所以，便不问缘由，只是尽心尽力地帮她。
可是，海底世界不允许养鱼，尤其是妄图复活一个人类，违背天道。他们只能带着鲲东躲西藏，经历了重重磨难。
有一次，他们带鲲到野外，去寻找更大的水塘。
为了救椿，湫不幸中了双头蛇的毒，命在旦夕。椿慌了，背着湫去找自己的爷爷求助，老人家本就大限将至，于是用自己最后的寿命，换回了湫的一条命。
临终前，爷爷安抚痛哭不已的椿，叫她按照自己的内心行事，他和已故的奶奶，会一直支持她。
椿的爷爷，生前掌管百草，死后化作了一棵海棠树。奶奶生前掌管百鸟，死后化作一只凤凰陪伴爷爷。现在，这只凤凰，便栖息在爷爷化作的海棠树上，继续相依相伴。
可是，毕竟这是逆天之行。
随着鲲一天天地长大，慢慢发生了一系列罕见的天灾，先是连日暴雨，接着是夏日飞雪。人们发觉了不对劲儿，多方查证下，终是发现了椿养鱼的行为，便开始追杀鲲。
在带鲲逃亡的路上，湫为了保住椿，偷偷抛弃了鲲。却没想到，椿得知后，不顾一切地跳入了寒冷刺骨的冰洞中，只为去救鲲。
此时，湫才意识到，椿养鱼，并非只是一时兴起，鲲对她而言，比性命还重要！
无奈下，他只得同时救出椿和鲲，将他们安排妥当后，偷偷拿走了神像给椿的信物，一个人找到灵婆，打听鲲的渊源。
灵婆告诉他，椿和鲲早已灵魂相融、性命相连，一旦鲲死了，椿也会跟着死，并且，鲲离开海底世界回到人间的日子，便是椿的死期。
湫很震惊，他无法接受这个事实，他自诩为天不怕地不怕，却唯独怕椿受苦。于是，他不惜一切代价，与灵婆做了交易，以换回椿的性命。
很快，鲲便长成了，身体巨大，翅膀辽阔，可以直飞天际，具备了返回人间的条件。
湫的奶奶是负责海天大门的法师。为了帮助椿送鲲回人间，湫偷来了奶奶的面具与法器，强行开启海天大门。
可是，湫因为法力不济，加上这本就是逆天而为，最终导致海水倒灌，洪水泛滥，整个海底世界陷入了一片汪洋之中。
农田淹没，房屋倒塌，族长不得不带着族人逃往最高的山峰。不少村民被洪水卷走，下落不明，整个海底世界都付出了惨痛的代价。
此时，椿才意识到，她为了弥补自己犯下的一个错误，却引发了更多更严重的错误。一切，都是因她而起。
为了赎罪，她将鲲赶往海天之门后，只身跳入洪水，将自己融入爷爷化作的那棵海棠树，燃烧了所有的法力和寿命，助力海棠树快速地无限生长。直到海棠枝干巨大通天，堵住了天空的漏洞，挡住了倒灌的海水，救了所有人。
可是，鲲哪里舍得一个人走？他在海底世界虽然是一条鱼的形态，却早已与椿有了感情。他游到椿化作的那棵巨大的海棠树旁，悲痛欲绝。
这个时候，灵婆出现了，他带来椿的另一半寿命和灵魂，借助一根海棠枝丫，将椿复活。只是，复活后的椿，已失去了所有的法力。
根据灵婆的指引，湫带着椿和鲲，一同前往南冥天池，去那里寻找海天之门的通道，送鲲回人间。
在海天之门前，椿与鲲依依不舍地道别。
椿一直以为，把鲲送走之后，她会跟着湫一起回家，以一个毫无法力的普通人的身份，度过残生。
谁曾想，鲲刚离开不久，湫便借助着灵婆给他的法器，燃烧了自己的生命，化为连接海底世界与人间的信物，要帮椿通过海天之门，送她去人间！
这时，椿才知道，她之所以能够复活，全是因为湫与灵婆做了交易，换回了她另一半的灵魂和寿命，而湫为之付出的代价，则是他自己全部的寿命！
椿这才明白，湫深爱着她，他是这个世界上，对她最好的人。
然而，湫的牺牲已无法挽回，椿痛哭流涕，伤心不已。
湫对她说：“不要难过，我会化作人间的风和雨，永远陪伴你。”
他牵起椿的手，借着燃烧寿命的助力，将她送过了海天之门。
就在彻底化为灰烬之前，他告诉椿，此生他唯一后悔的，便是在前一天的晚上，他们一起在树下休息的时候，他没有勇气紧紧地抱住她……